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他使用了一款叫做“STRING”的工具,这是一种常用于基因相互作用网络分析的数据库,它可以帮助研究人员找出基因之间的相互作用。
随着陈飞的操作,一个复杂的基因网络图逐渐出现在屏幕上。
那些差异表达显著的基因位于网络的中心,周围则是与它们相关的其他基因。陈飞的目光在网络中游走,寻找那些与癌症密切相关的基因。
发现关键基因:TP53
陈飞的眼睛亮了起来,网络的中心有一个熟悉的基因:TP53。
这个基因被称为“基因组的守护者”,它是人体内最重要的抑癌基因之一。当TP53发生突变时,细胞就会失去抑制癌变的能力,从而导致肿瘤的形成。
“没错,TP53果然是肝细胞癌的关键。”陈飞自言自语道,“它的突变可能是推动癌症发展的主要原因之一。”
他将TP53作为核心节点,进一步分析了它的下游调控基因。
通过这次分析,陈飞得出了一个完整的基因调控网络图,展示了TP53在肝细胞癌中的作用,以及它如何通过调控其他基因,推动癌症的发展。
第五步:验证和发表文章
实验思路逐渐成型,接下来就是如何把这个思路撰写成文章并发表。
陈飞深知,任何实验都需要通过验证和同行评议,才能被科学界接受。
他决定将这篇文章的核心思路和实验结果汇总,写一篇论文。
文章会详细描述如何通过RNA-seq数据、随机化采样、差异表达基因分析以及基因调控网络的构建,找出肝细胞癌的关键基因,并将TP53突变作为核心推论提出。
“这篇文章,一定能成功。”他笑着对自己说道。
夜已深,陈飞依旧伏案工作。RNA、肝细胞癌、TP53……这些关键词不断在他的脑海中闪现。此刻,他仿佛回到了孟德尔那个时代——一个科学家在默默无闻中坚持着自己的研究,等待着真理的闪耀。
“孟德尔,你能成功,我也能。”
陈飞喃喃自语,然后继续敲打着键盘。
这一次,属于陈飞的科学篇章,正悄然展开。
陈飞坐在电脑前,眼睛盯着屏幕上的代码,双手飞速地敲击键盘。
他知道,系统给出的实验思路是他的机会,作为一名本科生,能参与到高水平的生物信息学研究中已经是件不容易的事。而他更明白,要想从中脱颖而出,除了跟随系统的提示,还必须掌握更多的技能,比如——编程。
是的,自学代码,这是他目前最迫切的任务。
“写代码居然比搞实验还痛苦……”
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